乙肝是否发病和免疫细胞是否被激活有着直接联系。乙肝病*，也称嗜肝病*，它们很喜欢人类的肝脏，并在其中大量繁殖。
当幼儿时期，就感染乙肝病*的乙肝大三阳患者，此种情况的患者，虽然患者机体中病*在不断复制繁殖，而届时肝脏的损害通常较轻，有相当一部分患者，病*可长期或终身和机体“和平共处”，也就是处于免疫耐受期，机体的免疫应答尚未成熟，此种情况，我们也称他们为“乙肝病*携带者”，即机体长期携带了乙肝病*，而肝脏损害较轻。但此种情况同样应注意对肝脏功能状态的评估。
处于免疫耐受期，虽然血清检测为乙肝大三阳，表示体内存在乙肝病*，患者实质性肝损伤却相对轻微，这种也被称为乙肝病*携带者。指长期携带乙肝病*，却没有明显症状，患者体内病*被定义为传染源。
随着年龄增长，成年以后由于自身免疫功能发育健全，这时免疫细胞就会被乙肝病*激活，进展到免疫清除期。这个时期内，免疫细胞不会再与乙肝病*“和平共处”，而是开始消灭它们。但是，其中一部分的乙肝病*能够被消灭，另一部分乙肝病*是无法杀灭的，这时如果能够通过规范药物治疗，把剩余病*抑制下来，慢性肝炎也就不会继续进展。反复清除过程越长、次数越多，肝细胞受损越严重，随着发生e抗原转阴，e抗体出现，即从大三阳转小三阳。
所以，免疫清除期往往也是理想的抗病*治疗时间，药物控制促使乙肝病*不再活跃的复制，即非活动期。如果这个时期没有控制好，比如没有及时治疗或规范治疗，那部分没有被消灭的乙肝病*又会活跃起来，导致慢性乙肝反反复复，即乙肝再活动期。
但是，也有一部分，病程较长而没有及时控制的慢性乙肝患者（CHB），他们体内的乙肝病*有可能发生变异。这种病*变异前指标表现，通常是大三阳和小三阳之间，反复的转化，肝功能却长期不能保持稳定，HBV-DNA持续的阳性，这些人属于肝炎没有控制好，今后可能会进展到肝硬化、肝癌。
许多患者年轻时检测为大三阳，中年以后检测发现转为小三阳，基本可以判断自身免疫清除了体内部分乙肝病*，对这种大三阳自发转小三阳，呈现年龄越早越好，即30岁以前完成阴转，今后发展为肝硬化和肝癌概率下降。
也有部分患者，自身免疫无法彻底清除乙肝病*，随着反复清除，清除却不彻底，也可以发生大三阳转小三阳，小三阳再次转大三阳。尤其要重视这种反复多次转换过程，说明自身免疫系统无法彻底清除体内病*。而这部分反复转换的患者，今后更容易发展为肝硬化。
患者转换年龄越晚，即便转为小三阳，可能肝脏受损程度越重，受到病*感染的肝细胞越深。因此，在30岁左右发生大三阳转小三阳，更不容易发展为肝硬化和肝癌；40岁左右即便完成转换，患者依然存在一定程度肝纤维化继续发展倾向。
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